Lãnh đạo quân sự Hàn Quốc – bao gồm cựu Bộ trưởng Quốc phòng và các sĩ quan cấp cao – đang trở thành tâm điểm trong hai trong ba cuộc điều tra do công tố viên đặc biệt tiến hành. Hai cuộc điều tra này chủ yếu tập trung vào hai sự việc nghiêm trọng: các hoạt động drone bị nghi là trái phép qua không phận Bình Nhưỡng, và cái chết gây tranh cãi của một binh sĩ Thủy quân lục chiến vào năm 2023.
Cuộc điều tra đầu tiên xoay quanh một chiến dịch máy bay không người lái bị cho là đã vượt qua không phận Bắc Triều Tiên gần Thủ đô Bình Nhưỡng vào cuối năm 2024. Cựu Tổng thống Yoon Suk Yeol bị nghi ngờ chính là người ra lệnh cho chiến dịch này mà không thông qua kênh chỉ huy quân sự hợp pháp, với mục đích kích động một phản ứng quân sự từ phía Bắc Triều Tiên. Cuộc điều tra cho biết kế hoạch nhằm tạo ra một cuộc khủng hoảng an ninh đủ để làm cái cớ tuyên bố thiết quân luật. Thiếu tướng Kim Yong-dae – chỉ huy Bộ Tư lệnh Tác chiến Drone – được cho là người nhận chỉ thị trực tiếp từ ông Yoon, và đã sửa đổi một chiếc drone để mang theo tờ rơi có nội dung chống Bắc Triều Tiên. Chiếc drone này sau đó bị rơi, làm dấy lên căng thẳng nghiêm trọng với Bình Nhưỡng, vốn đã lên tiếng cảnh báo đáp trả nếu các hành động tương tự tiếp diễn.
Các cơ quan điều tra đã tiến hành khám xét Bộ chỉ huy Drone, Bộ Quốc phòng, cơ quan Phản gián Quân sự và Văn phòng An ninh Quốc gia, thu thập bằng chứng gồm cả bản ghi lời khai cho thấy ông Yoon trực tiếp chỉ đạo chiến dịch. Tướng Kim đã bị đình chỉ chức vụ và bắt giữ không qua lệnh của toà án, đối mặt với các cáo buộc như giả mạo tài liệu, tiếp tay cho kẻ thù và lạm dụng quyền lực. Quy mô điều tra đã được mở rộng, từ nghi vấn nổi loạn quân sự sang cáo buộc phản quốc đối với cựu tổng thống. Ngoài ra, điều tra cũng phát hiện có dấu hiệu che giấu thông tin, như việc báo cáo sai số lượng drone được triển khai.
Cuộc điều tra thứ hai liên quan đến cái chết chưa rõ nguyên nhân của một Thủy quân lục chiến trẻ vào năm 2023. Cựu Tổng thống Yoon bị cáo buộc đã can thiệp để ngăn cản tiến trình điều tra ban đầu. Theo lời cựu Bộ trưởng Quốc phòng Lee Jong-sup, ông đã nhận được cuộc gọi từ ông Yoon bày tỏ lo ngại về vụ việc, cho thấy có thể đã có sự can thiệp bất hợp pháp. Ngoài ra, các quan chức cấp cao khác cũng đang bị điều tra vì vai trò trong việc cản trở công lý và ủng hộ kế hoạch tuyên bố thiết quân luật gây tranh cãi vào tháng 12 năm 2024.
Liên quan đến cả hai vụ việc, còn có một cuộc điều tra khác tập trung vào hoạt động tình báo quân sự bí mật. Trong đó, các sĩ quan tình báo Hàn Quốc bị cáo buộc đã cố gắng tiếp cận giới chức Bắc Triều Tiên tại Mông Cổ ngay trước thời điểm tuyên bố thiết quân luật, có khả năng nhằm tạo dựng một cuộc khủng hoảng an ninh giả tạo. Một số quan chức liên quan đã bị đình chỉ công tác và truy tố.
Cựu Thủ tướng Han Duck-soo hiện cũng đang bị điều tra vì bị nghi hỗ trợ kế hoạch thiết quân luật của ông Yoon và tìm cách hợp pháp hóa các sai phạm theo thủ tục hồi tố. Cơ quan điều tra đã tiến hành lục soát nơi ở và thẩm vấn ông Han như một phần của quá trình làm sáng tỏ toàn bộ vụ việc.
Tổng hợp từ các cuộc điều tra đặc biệt cho thấy khả năng tồn tại một âm mưu có tổ chức bởi cựu Tổng thống Yoon cùng một số tướng lĩnh quân đội nhằm dàn dựng một cuộc khủng hoảng an ninh quốc gia, dẫn đến việc áp đặt thiết quân luật trái pháp luật. Các hành vi bị phát hiện bao gồm lạm dụng quyền lực, làm giả tài liệu, che giấu thông tin của quân đội và các cáo buộc nghiêm trọng như phản quốc, với nhiều nhân vật quân sự và chính trị cao cấp đã bị bắt giữ hoặc truy tố.